เมื่อตอนเป็นเด็ก ครอบครัวของ โกเอม่อน ทั้งหมดถูกลอบสังหารด้วยเหตุผลทางการเมือง แม่ของเขาส่ง Goemon ออกไปก่อนที่เธอจะฆ่าตัวตาย พวกเขาวิ่งหนีไปพร้อมกับผู้ดูแลของเขา พวกเขาถูกโจรโจมตี แต่เขาได้รับการช่วยเหลือจากโนบุนางะ โอดะ ผู้ซึ่งเสนอโอกาสให้เขาแข็งแกร่งขึ้น โกเอม่อน ติดตาม Nobunaga และได้รับมอบหมายให้ Hattori Hanz เพื่อฝึกฝนเขาในวิถีแห่งนินจา  พร้อมกับ Saiz