เรื่องราวหลังจากที่แฟ้มคดีเอกซ์ เหมือนจะถูกปิดลงไปแล้ว แต่ก็ดันมีเรื่องราวเกิดขึ้น โดยมีการขู่วางระเบิดจากผู้ก่อการร้าย ที่ทำการรัฐบาลในเท็กซัส ทำให้สองคู่หูนักสืบ FBI ฟ็อกซื มัลเดอร์ และ ดาน่า สกัลลี่ย์ ต้องเข้าไปหยุดเหตุการณ์นี้ให้ได้ แต่การเข้าไปสืบในครั้งนี้ กลับทำให้ทั้งสองต้องเจอไม่คาดคิดอีกครั้ง เมื่อสองคู่หูต้องไปพบกับไวรัสที่ถูกปิดบังมากว่า 10 ปี แถมไวรัสนี้มีมาตั้งแต่เมื่อ 3000 กว่าปีก่อนจากนอกโลกแล้ว การวิจัยของรัฐที่ปิดบัง เพื่อนำไวรัสนี้ไปหาผลประโยชน์ ทั้งสองจึงต้องเสี่ยงชีวิต เพื่อจบเรื่องราวเหล่านี้ให้ได้