เรื่องราวของหนังเรื่องนี้เกิดขึ้นในปีที่ 75 ของยุคจักรวาล คิระ ยามาโตะและคนอื่น ๆ ได้เข้าร่วมองค์กรติดตามสันติภาพโลกที่มีชื่อว่า "เข็มทิศ" โดยมีลักซ์ ไคลน์ เป็นประธานคนแรกในโลกที่ยังคงอยู่ในความสับสนวุ่นวายและเข้ามาแทรกแซงในสงครามทั่วโลก หลังจากที่มูลนิธิโผล่ขึ้นมาเสนอกำลังร่วมกับเข็มทิศเพื่อทำสงครามครูเสดต่อต้านจักรวาลสีฟ้าที่อยู่เบื้องหลังสงคราม คิระ ยามาโตะ และคนอื่นๆ ก็ค้นพบเป้าหมายสูงสุดของมูลนิธิในที่สุดทุกคนก็ร่วมมือกันหยุดยั้งแผนที่จะคุกคามโลกก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินไป