หลังจากภารกิจลับเกิดผิดพลาด นักบินโมบิลสูท อามุโระ เรย์ และพรรคพวกของเขาต้องติดอยู่บนเกาะห่างไกล กองพันถูกส่งไปยังดินแดนที่เรียกว่าเกาะแห่งการหวนกลับเพื่อกวาดล้างกองกำลังศัตรู เพียงเพื่อพบเด็กกลุ่มหนึ่งและการโจมตีด้วยเครื่องจักรของศัตรู ตอนนี้อามุโระต้องหาทางให้พวกเขาทั้งหมดหลบหนีจากดินแดนลึกลับแห่งนี้ แต่ไม่ใช่ก่อนที่จะพบกับชายแปลกหน้า คูคูรุซ โดอัน แต่ ทว่า ทางไวท์เบสได้รับคำสั่งใหม่ ให้ไปที่เกาะร้างแห่งหนึ่งเพื่อค้นหาและทำลายหน่วยรั้งท้ายซีอ้อนที่หลงเหลืออยู่ อามุโร่ ได้พบเด็กกลุ่มหนึ่งและโมบิลสูท ซาคุ บนเกาะร้างดังกล่าว เมื่อกันดั้มพลาดท่า และอามุโร่บาดเจ็บ และได้ถูกชายที่ชื่อ คูคูรูซ โดอัน ช่วยไว้ เขาคืออดีตหน่วยพิเศษ เซาเทิร์น ครอส ที่เก่งกาจ และถูกเทียบเคียงราวกับ ชาร์ อัสนาเบิล แห่งพื้นโลก เมื่อได้สติ อามุโร่พยายามหาทางกลับไปยังกันดั้มเพื่อหลบหนี