เรื่องราวที่จะทำให้ทุกคนใจฟูไปกับครอบครัวโนฮาระ ที่จู่ ๆ ก็ได้รู้ว่า ชินจัง ไม่ใช่ลูกของตัวเอง เมื่อหญิงสาวนาม จิโยเมะ เฮโซกะคูเระ พร้อมเด็กชายนาม ชินโซ ได้เดินทางมาพบครอบครัวโนฮาร่าที่บ้าน เพื่อบอกกับฮิโรชิและมิซาเอะว่าตัวของเธอนั้นคือแม่ที่แท้จริงของชินจัง!? ครอบครัวโนฮาระก็ไม่อาจที่จะขับไสไล่ส่งเธอไปได้ จึงยินยอมให้เธอพักอาศัยด้วยหนึ่งคืน ในคืนนั้นเอง กองทัพนินจาลึกลับได้บุกเข้าจู่โจม ทำให้ทั้งจิโยเมะและชินจังหายตัวไปอย่างลึกลับ ณ หมู่บ้านนินจาตระกูลเฮโซกะคูเระ กำลังทำหน้าที่ปกป้อง “สะดือโลก” เนื่องจากหาก “สะดือโลก” เกิดหลุดออกมานั้นโลกจะถึงกาลวิบัติ ฤดูกาลจะจบสิ้น และวันพรุ่งนี้จะสูญหายไปตลอดกาล