หลังจากตั้งรกรากในกรีนฮิลส์ โซนิคก็พร้อมสำหรับอิสรภาพที่มากขึ้น และทอมกับแมดดี้ตกลงที่จะทิ้งเขาไว้ที่บ้านระหว่างที่พวกเขาไปเที่ยวพักผ่อน แต่ในไม่ช้าพวกเขาก็จากไป เมื่อ ดร.โรบ็อตนิกกลับมา คราวนี้กับคู่หูคนใหม่ นักเคิลส์เพื่อค้นหามรกตที่มีพลังในการสร้างและทำลายอารยธรรม โซนิค ร่วมมือกับ เทลส์ เพื่อนสนิทของเขาเอง และออกเดินทางเพื่อค้นหามรกตก่อนที่มันจะตกไปอยู่ในมือของคนผิด หลายเดือนหลังจากเอาชนะด็อกเตอร์โรบอตนิกและทอมและแมดดี้ วาชอว์สกี้รับเลี้ยงเป็นลูกชายของพวกเขา โซนิค เดอะ เฮดจ์ฮ็อกพยายามช่วยเหลือสาธารณชนในฐานะศาลเตี้ยให้ประสบความสำเร็จเพียงเล็กน้อย ทอมแนะนำให้โซนิคอดทนไว้ในวันที่ต้องใช้พลัง ก่อนที่เขาและแมดดี้จะเดินทางไปงานแต่งงานของราเชลน้องสาวของเธอที่ฮาวาย โซนิควางแผนที่จะสนุกสนานเมื่ออยู่บ้านคนเดียว แต่ถูกโรบอตนิกโจมตี ผู้ซึ่งกลับมาด้วยความช่วยเหลือจากนัคเคิลส์ ตัวตุ่น นักเคิลส์ปรารถนาที่จะให้เกียรติมรดกของชนเผ่าที่สูญพันธุ์ไปแล้วและต้องการตำแหน่งของมาสเตอร์มรกตในตำนาน วัตถุโบราณที่ช่วยให้ผู้ครอบครองสามารถบิดเบือนความจริงได้ตามความประสงค์ของพวกเขา