กัปตันกางเกงใน เดอะ มูฟวี่ นี่คือเรื่องราวของครูใหญ่ที่มักจะโดน 2 เด็กจอมแสบแกล้งสารพัดในโรงแรียน จนเขานั้นตัดสินใจกักบริเวณเด็กแสบทั้ง 2 คน ไว้ในห้องทำงานของตัวเอง แต่เเล้วเรื่องไม่คาดฝันก็เกิดขึ้น เมื่อเด็กแสบทั้งสองเล่นสะกดจิตครูใหญ่ให้กลายเป็นซุปเปอร์ฮีโร่กางเกงใน ทำให้เรื่องเล่นๆ กลายเป็นปัญหาใหญ่ขึ้นมาซะได้ เมื่อครูใหญ่คิดว่าตัวเองกลายเป็นฮีโร่ขึ้นมาจริงๆ งานนี้เด็กแสบทั้งสองจึงต้องช่วยให้ครูใหญ่กลับมาเหมือนเดิมให้ได้