หลังจากซ่อนตัวจากโลกมนุษย์เป็นเวลาหลายปี เต่านินจากลายพันธุ์ ครองใจชาวนิวยอร์กและได้รับการยอมรับว่าเป็นวัยรุ่นธรรมดาจากการกระทำที่กล้าหาญของพวกเขา เพื่อนใหม่ของพวกเขา เอพริล โอนีล ยังช่วยพวกเขาปราบกลุ่มอาชญากรที่โด่งดังอีกด้วย แต่ไม่นานนักพวกเขาก็ตกอยู่ในสถานการณ์ที่ยากลำบากอีกครั้ง เมื่อกองทัพกลายพันธุ์ถูกส่งไปปราบพวกเขา